El convento de San Francisco da nombre a una de las más populares plazas de la villa de Cuéllar, que preside desde el siglo XIII. De lugar de enterramiento de nobles castellanos pasó a ser, después de su desamortización, una vulgar fábrica de harina. En la actualidad, hay una pequeña parte rehabilitada que el Ayuntamiento de Cuéllar destina a usos culturales.

Se conserva en pie su iglesia, sin cubierta, así como las capillas laterales y la sacristía que son propiedad del Ayuntamiento de Cuéllar, quien los utiliza con fines culturales. Además, se conservan parte de las dependencias de la zona conventual, como el claustro, que son propiedad privada. Poco a poco, parecen irse recuperando parte de sus dependencias.

La triste historia de este convento es quizás, además de bastante desconocida, una de las más penosas de nuestra provincia desde su primera referencia, en 1247. 

Se sabe que, en el siglo XV, fue concebido como panteón ducal por Beltrán de la Cueva, primer duque de Alburquerque, como lugar de reposo para sus tres esposas, su hermano y el mismo. La Historia, sin embargo, impidió que los deseos del duque se cumplieran. En 1736 ya amenazaba ruina y la comunidad se vio obligada a abandonarlo hasta el 1739, cuando se rehabilitó. En 1773 se inundó a causa de una riada; en 1809 fue saqueado durante la guerra de la Independencia y sobrevivió con penurias hasta la exclaustración definitiva en 1835. Después vivió un largo período de abandono, hasta que se restauró la iglesia, que fue inagurada en 1856, si bien en 1871 posiblemente ya volvía a estar cerrada. Fue fábrica de harina y la guerra civil acabó con él al ser incendiado. 

¿Qué pasó con las riquezas que atesoraba? ¿Qué ocurrió con los sepulcros ducales?

Fueron muchas más las piezas y ornamentos que pasaron a ser propiedad de museos privados, otros templos de la villa o del propio Ayuntamiento. Curiosamente, una de las obras más notables, los sepulcros en alabastro de la familia de don Beltrán de la Cueva,  su tumba, la de sus tres esposas y la de su hermano, atribuidos a Vasco de la Zarza, se encuentran repartidos por varios museos y, entre ellos, la Hispanic Society of America de Nueva York. El convento de Santa Clara, de Cuéllar acoge actualmente sus restos mortales y una pequeña parte de este tesoro vendido.

El Ayuntamiento de Cuéllar planea convertir San Francisco en Casa de la Cultura y avanza en la creación allí de un auditorio.